De remonstrantse kerk heeft haar wortels in de17e eeuw. In januari 1610 formuleerde in Gouda een aantal predikanten bezwaren tegen de leer van de Gereformeerde Kerk, de officiële staatskerk van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Deze predikanten hadden fundamentele bezwaren tegen sommige leerstellingen (onder andere over de wil van de mens en de voorbeschikking door God, predestinatie in de Heidelbergse Catechismus en de Nederlandse Geloofsbelijdenis. Zij verzetten zich tegen enkele opvattingen van Calvijn en de staatskerk.

De opvattingen van de remonstranten zijn in 1610 vastgelegd in de vijf artikelen van de remonstranten. De Dordtse Synode heeft in 1618-1619 deze artikelen weerlegd in de vijf artikelen tegen de remonstranten, de zogenoemde Dordtse Leerregels.

De remonstranten waren vooral tegen het invoeren van sterk bindende belijdenisgeschriften waarin precies werd vastgelegd wat een gelovige wel en niet mocht geloven. Ook stelden de remonstranten de predestinatieleer ter discussie. Deze leer gaat er van uit dat alleen díe zielen eeuwig zalig worden, in de hemel zullen komen, die door God al vóór de Schepping uitverkoren zijn.

Waar de contra-remonstranten vonden dat een mens geen enkele invloed had op zijn eeuwige bestemming, hingen de remonstranten een minder harde variant van de predestinatieleer aan. Volgens de laatsten had God van tevoren diegenen tot de eeuwige zaligheid voorbeschikt waarvan Hij van tevoren reeds wist dat zij gelovig zouden worden. De mens had bij de remonstranten dus een zekere invloed op zijn eeuwige (on)heilsbestemming.

Jacobus Arminius (de volgelingen werden daarom Arminianen genoemd, ofwel de rekkelijken.), was in 1610 al overleden, maar hij werd toch boegbeeld van de remonstranten. Franciscus Gomarus was voorman van de contra-remonstranten, ofwel de strengen of preciezen. Tussen de remonstranten en hun opponenten ontstonden al snel felle discussies.

Omdat het geschil tussen de remonstranten en de contra-remonstranten de prille Republiek in tweeën dreigde te splitsen, werd in 1618 een kerkvergadering gehouden, de Synode van Dordrecht. De Synode gaf de contra-remonstranten gelijk.

In 1619 stichtten de remonstranten in Antwerpen de Remonstrantse Broederschap. De gevluchte remonstranten keerden na het overlijden van prins Maurits in 1625 weer geleidelijk terug naar de Republiek. Daar was de remonstrantse kerk officieel verboden, maar werd deze in de dagelijkse praktijk gedoogd. De remonstranten stichtten vele schuilkerken; een daarvan was De Rode Hoed in Amsterdam.

Pas in de Franse tijd, vanaf 1795 werd de kerk officieel erkend In de 19e eeuw beleefde de remonstrantse kerk haar grote bloei. Veel vrijzinnigen die zich losmaakten van de Nederlands Hervormde Kerk en - in de 18e eeuw - van de Gereformeerde Kerk sloten zich bij de remonstranten aan, al is in absolute zin hun aanhang nooit groot geweest.

In het laatste kwart van de 20e eeuw is de langdurige discussie over de totstandkoming van één protestantse kerk in Nederland (PKN): het Samen-op-Weg-proces (SoW) een belangrijk moment geweest. De remonstranten hebben hieraan langdurig deelgenomen, mede omdat de remonstranten steeds hebben gestreefd naar een 'reparatie van grieven'.

In 1993 werd duidelijk dat onder andere de Dordtse Leerregels van 1619 (De Vijf Artikelen tegen de Remonstranten) ook in de nieuw te vormen kerk overeind zouden blijven. De remonstranten hadden ook het gevoel dat bij veel andere onderwerpen onvoldoende naar hen werd geluisterd. De remonstranten zijn toen teruggetreden uit het SoW-proces en hebben het verder als toehoorder gevolgd.

De Remonstrantse Kerk onderscheidt zich van andere kerken doordat zij geen algemene leer kent: iedereen is vrij het geloof op zijn eigen manier te beleven. Men kan lid worden door in te stemmen met de Beginselverklaring. De Remonstranten kennen bijna evenveel vrienden; actief bij het leven van deze geloofsgemeenschap betrokken, Vrienden/vriendinnen hebben (bijna) dezelfde rechten en plichten als leden.  Zij dragen dus ook financieel bij aan de gemeente.Wie alleen het gemeenteblad Taal & Teken wil ontvangen, kan zich laten registreren als abonnee.

De bijbel is voor Remonstranten een verzameling geschriften, waarin mensen tijd- en plaatsgebonden van hun geloof hebben getuigd. Deze getuigenissen kunnen bron van inspiratie zijn, als zij in vrijheid mogen worden getoetst op hun betekenis voor deze tijd. Dit leidt er toe dat bij remonstranten heel verschillende beelden ontstaan van God en Jezus Christus.