De Molukse kerken zijn in 1952 ontstaan nadat in 1951 de militairen van het Koninklijk Nederlands-Indisch Leger met hun gezinsleden naar Nederland moesten emigreren. Hun voorgangers, die meestal legerpredikant waren geweest, waren samen met de gelovigen de opvatting toegedaan, dat hun verblijf in Nederland van zeer tijdelijke aard zou zijn, mede als gevolg van de afspraken van de Ronde-Tafelconferentie van Den Haag.

Daarom stichtte het merendeel de Molukse Protestantse Kerk die, gezien het tijdelijke karakter, slechts de toevoeging Belanda (Nederland) kreeg. Op grond van politieke overwegingen werd de band met de moederkerk op Ambon formeel verbroken. Dit besluit had een aantal scheuringen tot gevolg. Ook zorgde een aantal conflicten tussen Ambonezen en Kei-ezen voor aparte kerkelijke gemeenten. Andere scheuringen ontstonden vanuit het verleden in het vooroorlogse Nederlands Oost-Indië.

De Molukse Evangelische Kerk is in 1952 in Nederland gesticht als een van de eerste van de groep van Molukse kerken. Het is de grootste van de Molukse kerken.De Geredja Indjili Maluku (= Molukse Evangelische Kerk), verkort GIM, is een zelfstandige Kerk in Nederland. Deze Kerk bestaat uit alle plaatselijke Gemeenten, binnen de grenzen van Nederland, die door de GIM zelf werden geïnstitueerd en/of op eigen verzoek toegelaten en geregistreerd zijn in het instituut GIM.

De andere Molukse kerken zijn:

De grondvatting van alle kerken ligt in de opvatting dat Gods Woord het richtsnoer voor geloof en leven is en dat Jezus Christus de zaligmaker voor de wereld is. De Apostolische Geloofsbelijdenis wordt aanvaard als de basisbelijdenis van de kerk. In de liturgie zingt men de psalmen en gezangen van de oude hervormde kerk, in het Maleis vertaald.